Quần đảo Raja Ampat được ghi nhận là nơi đa dạng sinh vật biển bậc nhất trên thế giới, theo Tổ chức Bảo tồn Quốc tế[3]. Sự đa dạng của nơi đây lớn hơn đáng kể so với bất kỳ khu vực nào khác thuộc khu vực Tam giác San Hô. Raja Ampat cũng là nơi sở hữu hệ sinh thái rạn san hô phong phú nhất thế giới[1].

Có hơn 1.500 loài cá, 537 loài san hô và 699 loài nhuyễn thể được tìm thấy tại Raja Ampat[4]. Đáng chú ý là 96% số lượng san hô cứng được ghi nhận tại Indonesia đều có mặt tại Raja Ampat và 75% trong số đó có mặt trên toàn thế giới[5]. Quần đảo Raja Ampat có ít nhất 3 hồ sứa vô hại, tất cả đều nằm tại đảo Misool.

Nhiều loài vật quý hiếm và có nguy cơ tuyệt chủng như cá cúi, cá voi, cá nhà táng, cá heo và cá voi sát thủ cũng có mặt tại đây[6][7][8][9].